香港科技大学霍英东研究院霍英东基金会的理念与科大不谋而合。自1984年成立以来，基金会一直不懈地支持学术交流、社会研究、社区服务、教育事业、科技及文化活动。它还致力于南沙的发展，通过完善其商业和服务行业，满足当地转型中的传统产业的需求，从而把南沙建设成为一个充满活力的现代化海滨城市。
科大竭力追求卓越，推动研究，培养人才，在全球、中国及香港贡献良多，给霍英东基金会留下了深刻的印象。基金会的支持和慷慨捐助，使香港科技大学得以实现其2005-2020策略发展计划。科大将作为中国*优秀的大学，对国家的经济及社会发展作出贡献。
校园位置在研究院成立以前，科大已进驻南沙四年，并于2002年与广州市政府、霍英东基金会合作创办了南沙资讯科技园。 科大与广州市政府和霍英东基金会一直保持着紧密的合作。科大负责科技园的构思、设计、项目管理、培训与发展，以及输入专家人才，为培育高科技产业、为香港产业提供更多发展的机会，增强珠三角地区产业的竞争力。

目睹南沙经济的快速发展，科大萌生了一个新构思—在南沙建立一所研究院，以扩大科大在学术和研究方面在华南地区乃至全国的影响力。 在多方的共同努力下，科大的愿望终于逐步实现了。2006年8月7日，北京-香港科大联合研究中心率先在南沙成立了，另有七所研究中心也于2007年1月25日相继成立。这一切都为研究院今后在南沙的长期发展奠定了坚实的基础。