2015年10月18日，广东省人民政府与清华大学签署共建清华珠三角研究院协议，标志着研究院正式成立。研究院是省校共建的事业单位，按企业化方式运行管理，实行理事会领导下的院长负责制。

研究院恪守清华“自强不息，厚德载物”的校训，深度参与国家创新驱动发展战略的实施，推动广东产业结构转型升级、战略新兴产业培育发展，助力清华世界一流大学建设。立足广州、辐射珠三角，大力开展技术创新，培养聚集高端人才，发展技术产业。

研究院以体制机制创新为核心，打造科技研发、企业孵化、创业投资、人才培养、创新园区、合作六大功能板块，建设“产学研深度融合的科技创新孵化体系”。

五年时间内，努力达到累计引进创新创业人才1000人以上，建设高端研发平台10个以上，孵化企业300家以上，五年时间企业累计产值达到100亿以上。

研究院致力于建设成为国家新型科研机构的引领者,形成产学研资深度融合的化创新孵化集群,打造创新创业人才，汇聚的高地,战略新兴产业和未来产业聚集的基地。

研究院始终坚持“四个定位”和“四个结合”原则，即坚持应用技术研发、坚持科技成果转化、坚持企业孵化、坚持创新创业投资；做到学校与地方相结合、做到研发与孵化相结合、做到科技与金融相结合、做到国内与海外相结合。